まず、2003年の発表以降、動画共有サイトなどで実写版エヴァの予告編といわれているものが公開されています。
いずれも2007年前後に公開されたようですが、おそらくこちらは公式のものではないと考えられます。

最も大きな理由としてはWETAデジタルの他の作品からの流用部分があることです。
いくら予告編でも映像を制作する会社として流用は恥ずべきことですから考えられません。
また、映像に登場する見慣れないリアルなエヴァンゲリオンから公式と思っている人が多いと推測できるのですが、いずれもストーリーボードを加工しただけのものにも思えます。

そんな継ぎ接ぎの映像はいずれもエヴァ実写化を期待するファンによるものだと思われますが、中途半端な時期に人目に触れ、公開予定の発表もないこともお蔵入りといわれる理由でしょう。

さて、その事実関係ですが、2009年にADVフィルムが資産の大半を売却したことで、エヴァ実写化の権利関係が不明になっているのが一番の問題のようです。

実際、実写版のプロデューサーのひとりであるジョセフ・チョウは、実写化が進まない理由としてアニメ業界が破綻したことも理由にしていますが、権利関係をクリアできれば公開できると言っていますので完全なお蔵入りではなさそうだと考えていいでしょう。